2020年4月，宮崎敏明履新校長沒多久，會津大學的教職員和學生就收到了一封“神秘郵件”。這封匿名郵件稱，宮崎的多篇論文存在自我剽竊和重復提交等學術不端行為，甚至抄襲學生的論文。接到指控后，會津大學成立了調查委員會進行調查。這次調查持續了近兩年時間。2022年2月3日，會津大學召開新聞發布會，宣布了調查結果。委員會發現，宮崎有4篇論文使用了他過去論文的研究結果，卻未注明明確引用，已構成“自我剽竊”。當時宮崎表示，對于給學校和相關方帶來的不便，自己深感歉意，并自愿上交一個月工資的20%作為處罰金。根據Economic Research Institute的數據，日本大學校長的平均月薪約為6萬元人民幣，20%約為1.2萬元。調查委員會答應了宮崎的請求。日本會津大學（The University of Aizu）一波未平一波又起，第一次調查結束僅僅一個月后，宮崎不知出于什么目的，又“自曝”自己共有12篇論文涉嫌自我剽竊。會津大學對宮崎第二次調查的報告。在調查背景中，可以看到宮崎“自曝”（self-reported）12篇論文涉嫌自我剽竊隨后，針對宮崎的第二次調查開始，一直持續到2023年2月。委員會調查了宮崎自2005年就任會津大學教授以來發表的54篇論文。最終發現，除了之前曝出問題的4篇論文之外，宮崎還有3篇論文存在自我剽竊、有5篇論文存在重復提交。根據委員會的定義，自我剽竊是使用了自己之前論文的研究成果，卻未注明引用；重復提交是直接提交自己之前論文的研究成果，沒有作出創新。涉事論文發表于2008年至2016年之間，都是關于傳感器網絡的研究。委員會認為，這些論文的合著者都沒有過錯。宮崎不服，于2023年2月提出上訴。宮崎先“自曝”后上訴的操作，著實讓人迷惑。合理推測，可能是因為調查結果比宮崎“自曝”的情況更加嚴重——宮崎“自曝”12篇論文均為自我剽竊，而調查結果為7篇論文存在自我剽竊、5篇論文存在重復提交。又或許存在別的原因，根據目前的信息來源，背后真相究竟如何，尚未可知。委員會重新進行了調查，將其中1篇涉嫌重復提交的論文改為自我剽竊，但其他調查結果不變。委員會建議宮崎撤回重復提交的論文，并糾正自我剽竊的情況。宮崎解釋說，自己不清楚論文的提交規則，沒有注意學術不端行為的概念發生了變化，如日本文部科學省（MEXT）2006年制定的《防止研究不端行為指南》和2014年對這一指南的修訂。因此，宮崎并不認為自己的行為構成了自我剽竊和重復提交。委員會還認為，宮崎“嚴重忽視了研究人員應盡的基本職責”，將學生的研究數據和成果歸于自己。但宮崎認為，學生處于他的監督之下，無法與他平等討論，因此學生的成果也屬于他。宮崎將一名參與研究的學生列入論文致謝中，而不是作者，他說是因為“學生畢業后很難取得聯系”。此外，宮崎還被揭露“在未遵守大學內部程序的情況下申請政府援助”。當時，宮崎在申請文部科學省的補貼項目，以改變研究生院的組織和能力，并增加學院數量。在被縣政府指出問題后，宮崎馬上撤回了申請，但還是造成了一些混亂。宮崎說，他對給學生、畢業生、支持者和縣民帶來的不便深表歉意。7月召開的校長遴選會議決定，建議宮崎敏明辭職，這實質上相當于解雇。于是，在學校的“建議”下，宮崎敏明辭去了會津大學理事長兼校長的職務。
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